1. И это ужасно, так как это убивает на корню всю идею кастомизации, так как паковать тему или допиленную напильником цаетовую схему вряд ли кто в здравом уме будет.
2. Затем, что иногда это единственный способ решить эту проблему, не снося конфиг. И делать это приходится, к сожалению, чуть чаще, чем хочется. 1-2 раза в месяц примерно.
3. Базовым образом я неверно назвал рантайм. Примеры: параметры зависимостей, если приложение суть фронтенд с неким консольным бэкендом в качестве основной или водной функции.
4. virt-manager может также использоваться как менеджер к удалённому хосту виртуализации, и он даже не прибит к libvirt-daemon по крайней мере ни в федоре, ни в сусе.
5. Пока оно будет типичным GNU/Linux дистром с мейнтейнерами, а пакеты будут распространяться так же, как сейчас yum/apt/etc, все будет окей, но рано или поздно часть софта переедет на виндyзятную (макосную) модель распространения, либо просто обрастет легаси настолько, что в fc35 будут пакеты из fc29, fc32 и fc34, скажем, и все тянут свои рантаймы, да ещё в нескольких вариантах (с разными Qt/KF5, например). И вот тогда зоопарк рантаймов даст о себе знать.
Но ладно, надо просто запомнить, что на раздел с /var надо отводить не менее половины SSD с этими хипcтерскими веяниями типа докеров и флатпаков.
6. Flatpak: Gnome Builder, не сумевший ни в какую кастомизацию, а у меня аллергия на светлую адвайту.
Snap: Ace Player: установить, увидеть, умереть

Вероятно, да. Я пытаюсь использовать всё для того, чтобы это было удобно лично мне. Собственно, поэтому я и выбираю Linux.
Если бы я хотел брать только то, что дают и переделывать себя под это, я бы сейчас ходил с aйфоном и пользовался бы каким-нибудь из новых макбуков.