Единственная разница между самоподписанными корневыми сертификатами - это то, куда их включили. Моим сертификатом ты не заставишь россиян пользоваться, и в браузеры и ОС ты его не пропихнёшь. Сертификатом минцифры уже заставили пользоваться россиян. Теперь люди ставят Яндекс Браузер, в котором этот сертификат есть, и пользуются им. С Алисой, включённой по-умолчанию. Можно было бы хорошо не навязывать людям Алису и браузер от конторы с не самой лучшей репутацией, а включить сертификат минцифры в браузеры и ОС с более чистой репутацией. Для этого нужна гарантия, что он не будет использоваться для вредоносной активности. Людям говорят "а вдруг сертификаты РФ не продлят/отзовут, тогда наши сайты накроются?" Ну если от этого защита, тогда ОК, только гарантию дайте, что вы траффик к чужим сайтам прослушивать и/или модифицировать не сможете. Ещё можно сказать "нас достало платить за сертификаты несправедливую цену", и это тоже ОК.