> 1) в UNIX разработана и проверена практикой схема системных каталогов, имеющая много достоинств (в т.ч. в "редких" случаях и прочих нештатных ситуациях);

Это верно, однако, думаю, стоит вспомнить предпосылки, которые привели к существующей иерархии файловой системы... Когда-то давным-давно, когда деревья были выше, трава зеленее, а компьютеры "больше", операционная система UNIX распространялась на стримерных лентах и её установка была, в общем, нетривиальна. При этом, дисковая память (да и оперативная, но не о ней речь) была дорогая/дефицитная. Поэтому и использовалась "хитрая" схема с локальным корнем и /usr, смонтированным по NFS. Такая схема позволяла восстановить работоспособность сети (ибо в корне, да ещё и ro, ломаться, в общем, нечему, а проблемы с оборудованием из другой оперы), чтобы смонтировать /usr. Ну и дополнительно упрощалось обслуживание/сопровождение парка компьютеров за счёт единственной для каждой архитектуры копии /usr.

> a) при нештатных ситуациях (шанс повреждения большой ФС всегда больше при прочих равных);

В современном мире, по большому счёту, нет нужды любой ценой сохранять работоспособный корень, потому что больше не нужно загружать/устанавливать ОС со стриммерных лент. Ведь можно легко и непринуждённо загрузиться с Recovery CD/DVD/USB или даже из сети и починить всё, включая корень и сеть.

> b) для бездисковых станций (сейчас не всегда осмысленно делать тонких клиентов, но обслуживать десятки почти одинаковых машин индивидуально -- всё так же глупо и дорого).

Тоже спорный вопрос. В современном мире существуют умные пакетные менеждеры, учитывающие множество факторов при установке пакетов, обёртки к этим пакетным менеджерам типа apt/yum/zypper/т.п., значительно облегчающие управление пакетами и ПО типа puppet, позволяющее управлять значительным количеством компьютеров с незначительными трудозатратами. А! Да! И дисковая память теперь дёшева. Соответсвенно, можно достаточно просто и успешно "обслуживать десятки почти одинаковых машин" но не "индивидуально", а "скопом".

Ну и, опять же, в некоторых случаях проще установить ОС заново, чем лечить поломанную (но это больше относится к Windows) - чай не со стримером мучиться.