> часть файлов должна собираться только на некотором подмножестве поддерживаемых платформ

аналогично с qmake проектами: отображать все возможные варианты, без учета условий

> по поводу артифактов - out-of-source-build придумали как раз для того чтобы не срать разной генерируемой дичью в дерево исходников

но это не логично ломать у одного пользователя, чтобы добавить фичу для второго

> cmakeprojectmanager2 внутренности .git директории не показывал.

Круто а как у него с MySuperCoolDvcs, игнорируется только всё что начинается с точки?

> Не всем это нужно, особенно если CMakeLists.txt не тривиальны.

Опять же странная логика, если кому-то не нужно, то давайте ломать всем.
Следуя этой логике, намного логичнее не использовать cmake, например, а использовать любую другую систему сборки. В qmake проекты можно добавлять файлы, значит не используйте cmake.:/ Или еще хороший пример, почему вы не листите файлы через Ctrl+O -> диалог выбора файла, там можно даже вид вьюх настроить. Не говоря уже о том, что есть локатор с фильтрами.

Надеюсь хотя бы минимально получилось донести, что это плохая идея добавлять функционал, который ломает что-либо работающее. Или делает что-то неоднородно с существующим функционалом.