> Думаю, выдаст на пришедший в этот момент запрос 502, после поднятия бинда заработает нормально. Разве не так?

Ну, вы так думаете из-за того, что не знаете, как работает ДНС и как делается обработка ошибок в ПО (lazy). nginx в Debian 7 делает запрос ip-адреса, чтобы начать прослушивание. Но т.к. адреса нет просто завершается по ошибке. И сюрприз, сайт лежит. Но достаточно его стартануть опять, как он снова работает. И не каждый сисадмин догадается в чём дело. А проблема проявлялась, когда сервер DNS включали после того, как включали сервер, на котором nginx был в роли прокси-сервера. Обычное состояние гонки. Даже не обязательно, чтобы это были зависимости процессов, проблема может быть даже на разных компьютерах.

Но да, есть ПО, которое корректно обрабатывает такие ситуации. Например, openvpn.

> Много ли системных сервисов используют dbus, кроме системде? Я ни одного не припоминаю, так что сделать этого, увы, не смогу.

Хм. Убейте демон dbus и попробуйте сделать что-нибудь через NetworkManager. ;)