Сомневаюсь, чтобы в %autosetup была необходимость. В ряде других дистрибутивов ещё до %autosetup был макрос %apply_patches, накладывающий все патчи сразу, но в Федоре зачем-то решили сделать по-своему, свалить функции распаковки исходников и наложения патчей в кучу. И сами же не спешат применять %autosetup везде, иногда предпочитая конструкции типа:

%if %{num_patches}
    git init
    git config user.email "systemd-maint@redhat.com"
    git config user.name "Fedora systemd team"
    git add .
    git commit -a -q -m "%{version} baseline."

    # Apply all the patches.
    git am %{patches}
%endif

http://pkgs.fedoraproject.org/cgit/rpms/systemd.git/tree/sys...