> Как люди столько лет YaST в openSUSE используют — требует рута, немаленький
> (и модульный), да ещё и написан на Ruby? А Alterator в
> Alt?

И YaST, и Alterator — страшный сон для безопасности. Ради ознакомления посмотрите как написаны модули для них, которые вы используете, как устроена их архитектура, как происходит взаимодействие модулей с ядром конфигуратора и движкой интерфейса.

> По твоей логике вообще ничего от рута запускать нельзя никогда. Даже ПО,
> которое никак не взаимодействует с сетью. Даже, если и сети-то никакой
> нет. )

Это близко к правде — чем меньше запущено от рута, тем меньше опорных точек для взлома системы. Хорошие сервисы используют давно отработанные техники разделения и понижения привилегий, работы каждого из-под своего пользователя с жёстким разграничением доступа.

> Ну, допустим, есть какие-то проблемные места в Dolphin. Ну запустил я его
> от рута. И что?

Из-за особенностей реализации или поведения его модулей можешь случайно разрушить себе систему, как один из вариантов. Если это не страшно — запускайте смело, только про бэкапы не забывайте ;-)

> Ну ты ж не в sudoers с NOPASSWD эти софтины прописываешь.

Я и sudo-то не использую.