Проблемы с yaml возникают везде.
Парсеры парсят по-разному (настолько что легко написать два файла для двух парсеров, которые не будут валидны в другом парсере).
Сам стандарт сильно переусложнен и открывает кучу дыр для атак (банально кавычки не поставить и все - парсер по-другому прочитает).
Он гораздо медленнее json, а библиотеки для работы с ним менее развиты.
Единственный плюс по сравнению с json это комментарии, но во-первых есть и json с комментариями (впрочем не лишенный второй проблемы), а во-вторых комментарии не являются частью данных (как например в python) и прогнав их через парсер вы их потеряете.

А в плане читаемости и простоты лучше всего Tree (увы, поддерживается примерно нигде, но легко самим реализовать)