forum.opennet.ru - "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" (17)

форумы

помощь

поиск

регистрация

вход/выход

слежка

"Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"

Форум Разговоры, обсуждение новостей
Вариант для распечатки		Пред. тема \| След. тема
Изначальное сообщение		[ Отслеживать ]

"Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+/–
Сообщение от opennews (ok) on 25-Авг-16, 15:54
Доступен (http://ugene.net/ru/news.html) релиз UGENE 1.24 (http://ugene.net/ru/), пакета для работы молекулярного биолога, предоставляющий инструменты для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, филогенетического анализа, редактирования и аннотирования нуклеотидных и белковых последовательностей, поддержания биоинформационной базы данных, визуализации, поиска геномных вариаций, работы с хроматограммами и многого другого (http://ugene.net/ru/key_features.html). Исходные тексты UGENE распространяются (http://ugene.unipro.ru/ru/download.html) под лицензией GPLv2, сборки доступны для Windows, OS X и Linux. В новом выпуске в дизайнер вычислительных схем добавлен новый элемент «Преобразование вариаций SnpEff в аннотации», который преобразует вариации с информацией от SnpEff в стандартные аннотации, которые вы можете открыть в редакторе последовательностей. Улучшена работа схем NGS. URL: http://ugene.net/news.html#110816 Новость: http://www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=45024
Ответить \| Правка \| Cообщить модератору

Оглавление

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, odity, 15:54 , 25-Авг-16, (1) –1

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, _, 16:09 , 25-Авг-16, (2) +3
Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, anonymous, 18:02 , 25-Авг-16, (3) +4

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, rob pike, 07:47 , 26-Авг-16, (16) +1

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, Аноним, 22:22 , 27-Авг-16, (20) –1
Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, Аноним, 22:34 , 27-Авг-16, (21) –1
Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, Аноним, 23:31 , 27-Авг-16, (23)

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, rob pike, 07:11 , 26-Авг-16, (13)

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, АнонимХ, 11:51 , 26-Авг-16, (17)

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, rob pike, 11:59 , 26-Авг-16, (18) –1

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, АнонимХ, 14:27 , 26-Авг-16, (19)

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, Аноним, 08:33 , 28-Авг-16, (24)

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, Аноним, 18:10 , 25-Авг-16, (4)

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, rob pike, 07:16 , 26-Авг-16, (14)

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, rob pike, 07:22 , 26-Авг-16, (15)

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, Аноним, 22:48 , 27-Авг-16, (22)

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24, ZloySergant, 00:34 , 26-Авг-16, (5) +1

Сообщения по теме [Сортировка по ответам | RSS]

1. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" –1 +/–

Сообщение от odity (ok) on 25-Авг-16, 15:54

Вот в таких программах для меня было бы болевым шоком услышать,что в ПО найдена ошибка.

Ответить | Правка | ^ к родителю #0 | Наверх | Cообщить модератору

2. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" +3 +/–

Сообщение от _ (??) on 25-Авг-16, 16:09

Экая вы дамочка мнительная :-\
Ошибки там есть, 100% ! Как и в ПО самолётов к примеру.
Смотри не уссы**ь со страху на ночь глядя :))))

Ответить | Правка | ^ к родителю #1 | Наверх | Cообщить модератору

3. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" +4 +/–

Сообщение от anonymous (??) on 25-Авг-16, 18:02

У тебя в ДНК тоже есть ошибки :)

Ответить | Правка | ^ к родителю #1 | Наверх | Cообщить модератору

4. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" +/–

Сообщение от Аноним (??) on 25-Авг-16, 18:10

Наконец-то стали появляться нормальные дизассемблеры для ДНК.

Ответить | Правка | ^ к родителю #0 | Наверх | Cообщить модератору

5. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" +1 +/–

Сообщение от ZloySergant (ok) on 26-Авг-16, 00:34

Благодарю за информацию. Буду рекомендовать (посмотреть, студиозусы, местами, - опытные) своим студентам с биохима.
P.S. Вроде с февраля, но как-то мимо меня пролетала информация. Странно (бухать, что-ли, меньше?).
P.P.S. Последнее - риторический вопрос, если что.

Ответить | Правка | ^ к родителю #0 | Наверх | Cообщить модератору

13. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" +/–

Сообщение от rob pike on 26-Авг-16, 07:11

> Автоматическое сканирование публикаций в базе PubMed с помощью набора bash-скриптов показало, что около 20% таблиц с данными в научных работах по генетике содержат ошибки конвертации данных Excel

Ответить | Правка | ^ к родителю #1 | Наверх | Cообщить модератору

14. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" +/–

Сообщение от rob pike on 26-Авг-16, 07:16

Успехи немного преувеличены.
> ген не является ни дискретным, ни непрерывным, не имеет ни постоянной локализации, ни ясной функции, ни даже постоянных последовательностей, и не имеет определенных границ. Последние результаты проекта ENCODE еще более усложнили понятие гена.

Ответить | Правка | ^ к родителю #4 | Наверх | Cообщить модератору

15. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" +/–

Сообщение от rob pike on 26-Авг-16, 07:22

> Дискретный ген все прошлое столетие определял мышление биологов. Но попытки обращения такого сложного понятия в дискретную физическую структуру с ясно определенными границами, всегда казались проблематичными, и ныне видятся обреченными на провал. Вместо этого ген превратился в гибкую сущность с границами, определенными комбинацией пространственной организации и местоположения, способностью определенно ответить на специфический набор клеточных сигналов, и отношениями между формой выражения и окончательным фенотипическим эффектом” (Дайллон 2003, 457). Ряд молекулярных биологов, понимающих, что концепции генной транскрипции или генетического выражения, вероятно не достаточны, чтобы захватить сложную архитектуру транскрибируемости многих эукариотов, предложили более общий понятие "геномной транскрипции", учитывающее интеграцию транскриптов РНК, содержащих выходящие за пределы канонических генов последовательности. Это представление не столь просто совместить с классической молекулярной концепцией гена, который в силу подобной перспективы становится похожим “на статистические пики в пределах более широкой картины выражения генома”

Ответить | Правка | ^ к родителю #14 | Наверх | Cообщить модератору

16. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" +1 +/–

Сообщение от rob pike on 26-Авг-16, 07:47

Это не ошибки.
> в руки попалась статья двухмесячной давности, где японцы рассказывают как им удалось переназначить СТОП-кодон (UAG) кишечной палочки одной из аминокислот, и при этом сделать всего лишь неколько генетических модификаций во избежание летального исхода! Свой абстракт они заключают так: "Результат обнаруживает неожиданную гибкость генетического кода".
> СТОП-кодоны узнаются не молекулами тРНК, как обычные кодоны, а специальными белками, называемыми факторами терминации (release factors). Они запускают цепь реакций, в итоге которых рибосома освобождается от мРНК. Если эти белки по какой-то причине отсутствуют в клетке, рибосома "зависает" на СТОП-кодонах и производство белков останавливается.
> Японцы нокаутировали ген, кодирующий фактор терминации RF-1. Он узнает один из стоп-кодонов, а именно UAG. Зато они ввели глутаминовую тРНК с антикодоном для UAG. Это значит, что те гены, которые заканчиваются на UAG, будут транслироваться дальше, до тех пор пока в той же рамке считывания не встретится другой стоп-кодон - UAA или UGA.
> Но перед этим они уточнили из других источников, какие из генов E.coli являются ключевыми, т.е. такими, нокаут одного из которых ведет к гибели клетки. Таких генов в геноме палочки менее 10%. Это вовсе не значит, что бактерия будет жить, если остальные 90% генов выключить. Это значит, что если хотя бы один из этих 10% выключен - клетка умирает.
> Среди ключевых генов нашлось всего семь штук, которые заканчиваются UAG-кодоном. Остальные заканчиваются другими СТОП-кодонами (UAA или UGA). Японцы методом исключения выяснили, что из этих семи генов только одному необходимо заменить UAG кодон на UAA, чтобы он терминировался правильно. Остальные 6 белков вполне себе переживают тот факт, что у них есть ненужный хвост. Что уж говорить про неключевые гены.
> Правда, оказывается, что у E.coli почти половина генов, заканчивающихся на UAG, имеют еще и запасной СТОП-кодон (UAA или UGA) в пределах всего десяти триплетов от конца гена и в той же рамке считывания. Поэтому в этих белках лишний хвост был совсем маленький, примерно из десяти аминокислот. Но есть гены, у которых запасного СТОП-кодона нет и первый попавшийся случайно UAA- или UGA-кодон может оказаться далеко. И ничего - все работает!

Ответить | Правка | ^ к родителю #3 | Наверх | Cообщить модератору

17. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" +/–

Сообщение от АнонимХ (ok) on 26-Авг-16, 11:51

Какого рода конвертация была? Флоат2инт что ли? Целочисленное переполнение?

Ответить | Правка | ^ к родителю #13 | Наверх | Cообщить модератору

18. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" –1 +/–

Сообщение от rob pike on 26-Авг-16, 11:59

Вы не о том спрашиваете. Задайтесь лучше вот каким вопросом - если только ошибок конвертации, и только из-за Excel, и только одним автоматическим скриптом на bash, было обнаружено в каждой пятой работе - сколько же тогда всего ошибок в этих работах?

Ответить | Правка | ^ к родителю #17 | Наверх | Cообщить модератору

19. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" +/–

Сообщение от АнонимХ (ok) on 26-Авг-16, 14:27

> же тогда всего ошибок в этих работах?
Да, смысл понятен сразу был, после первого твоего сообщения

Ответить | Правка | ^ к родителю #18 | Наверх | Cообщить модератору

20. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" –1 +/–

Сообщение от Аноним (??) on 27-Авг-16, 22:22

клоун: и зачем было это писать?
Ты прав, ошибки есть и они необходимы.
ДНК - это программа, по которой белки-строители собирают другие белки, создавая клетку.
ДНК каждой клетки описывает весь организм. На всякий случай она продублирована (не у всех, у простейших она одна, а у бобовых по хитрому закольцована), что позволяет избегать ошибок.
Белки-строители разбирают ДНК, проверяют что обе цепи совпадают (если нет, то запускается механизм самоуничтожения клетки), делают копию участка ДНК (= РНК, мРНК), собирают ДНК заново. Затем по РНК собирают белки.
Собирают наплевательски, зато быстро. Вторая группа белков проверяет, что сборка прошла успешно. Если допущена ошибка - белок отбраковывается и разрушается. В брак попадает до 30% всех собранных белков. В случае острого стресса или дефицита пищи отбраковка не выполняется.
Программа ДНК состоит из:
1. указания какая аминокислота (из них состоят белки) нужна.
2. переходов GOTO
3. признака конца последовательности
Наибольший интерес представляют переходы, их количество может достигать 80% всей информации в ДНК.
ДНК хранит информацию обо всех накопленных возможностях. Т.е. ДНК человека хранит информацию о жабрах (рыбы) и хлорофилах (растения). Типа когда-нибудь пригодится.
Именно переходы и отбраковка являются движущей силой эволюции: даже самые небольшие изменения могут привести к серьёзным последствиям. ДНК всех немножко отличается, но это не имеет значения, пока не возникнет серьёзная угроза.
Пример 1: малярия убивает. Серпоклеточная анемия (СА) - генетическое заболевание, при котором кровь переносит меньше кислорода; больные СА не болеют малярией. В центральной Африке очень многие больны СА. Тысячелетиями это было важно для выживания. С 4 тысячелетия до н.э. это позволяло избежать попадания в рабство (рабовладельцы не хотели заболеть малярией, поэтому избегали этих районов).
Пример 2: химический завод отравляет реку, в реке умирают карпы (отравление), за карпами умирают щуки (голод). Спустя 10 лет появляются карпы, устойчивые к химикатам. Ирония в том, что они накапливают химикаты, поэтому ни щуки, ни люди есть их не могут. Из-за этого карпы сильно расплодились, полностью восстановив популяцию, но они медленнее плавают, что не позволяет им выйти за пределы заражённой воды.

Ответить | Правка | ^ к родителю #16 | Наверх | Cообщить модератору

21. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" –1 +/–

Сообщение от Аноним (??) on 27-Авг-16, 22:34

клоун: исследования последних лет показывают, что ДНК также может хранить оперативную информацию.
Папу-мышь помещали в камеру где после запаха одеколона следовал болезненный удар током, выработав условный рефлекс. У него взяли сперму и с помощью ЭКО оплодотворили маму-мышь. У детей сохранился папин рефлекс, хотя у мамы его нет и ни мама, ни дети никогда не встречали папу и не нюхали одеколон.
Яйцеклетки женщин создаются во время рождения и больше не изменяются. Сперматозоиды мужчин создаются в течении всей жизни. Раньше считалось, что это нужно для массового оплодотворения, типа даже один мужик может покрыть сотни тысяч самок (природа сильно избыточна когда речь идёт о продолжении рода), но этот опыт показывает, что есть и другие причины.
Что более интересно, раз ДНК может передавать информацию, интересны границы этой возможности. Зачем учить человека, если можно заложить это в гены?

Ответить | Правка | ^ к родителю #16 | Наверх | Cообщить модератору

22. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" +/–

Сообщение от Аноним (??) on 27-Авг-16, 22:48

клоун: ген по определению - это последовательность ДНК, дающая организму определённые признаки. Напр. ген зелёных глаз, ген синих глаз и т.д.
Суть в том, что в большинстве случаев одна последовательность отвечает за несколько признаков. А некоторые вещи вообще жёстко не кодируются, напр. пол черепах определяется температурой (яйца в песок зарывают).
В силу высокой сложности подобных исследований, работа ведётся по принципу: вот ДНК и набор признаков. И там 100 миллионов раз. А теперь давайте найдём что за что отвечает статистическими методами. Если не точную последовательность, то хотя бы зацепки в какую сторону копать.

Ответить | Правка | ^ к родителю #15 | Наверх | Cообщить модератору

23. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" +/–

Сообщение от Аноним (??) on 27-Авг-16, 23:31

клоун: в биохимии различают несколько видов связей:
1. жёсткие - это связи в молекулах веществ, напр. вода H2O
2. слабые - это связи, которые возникают если вещества находятся рядом. Их легко создать и легко разорвать, но сами они не разорвутся. Так напр. молекула аденозина может "притянуть" 1 или 2 молекулы фосфорной кислоты. Т.о. получится АДФ или АТФ.
аденозин + энергия + фосфорная кислота = АДФ + вода.
АДФ + энергия + фосфорная кислота = АТФ + вода.
Формулы обратимы. АДФ и АТФ являются "энергией" клетки.
3. очень слабые связи. Возьмём белок, состоящий из 20 аминокислот:
0123456789АБВГДЕЁЖЗИ
Между 3 и Ё возникнет слабая связь, добавим энергию и молекула свернётся. После этого 0А и 39 образуют очень слабые связи, что приведёт ещё к одному сворачиванию. После этого 4ГЖ (3 аминокислоты) с помощью очень слабой связи смогут соединиться с молекулой кислорода. Бинго! Теперь мы можем переносить кислород (дыхание).
Полученный белок имеет сложную трёхмерную структуру и "работает" только в ней.
Можно заметить, что не все основания используются. Неиспользуемые можно заменять на что угодно. Можно (в разумных пределах) увеличивать и уменьшать размеры неиспользуемых последовательностей аминокислот.
Это позволяет избежать ситуации, когда небольшие изменения в ДНК моментально убивают организм.
У вирусов это позволяет "срастить" два белка, дав им одинаковое начало или конец с помощью переходов и т.о. уменьшить размер ДНК.
PS: в своё время я сильно увлекался биохимией и узнал очень многое о том, что такое жизнь и как работает организм на молекулярном уровне. А также то, как организованы насекомые (их органы чувств, датчики сгиба лапки, и т.п.), что сегодня помогает мне в моих занятиях робототехникой.

Ответить | Правка | ^ к родителю #16 | Наверх | Cообщить модератору

24. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24" +/–

Сообщение от Аноним (??) on 28-Авг-16, 08:33

Если они просканируют bash-скрипты статическим анализатором, то обнаружат что около 80% bash-кода состоит из ошибок, а количество ошибок в научных работах по генетике равно мнимой единице.

Ответить | Правка | ^ к родителю #13 | Наверх | Cообщить модератору

Архив | Удалить

Рекомендовать для помещения в FAQ | Индекс форумов | Темы | Пред. тема | След. тема

Партнёры:

Хостинг:

Закладки на сайте
Проследить за страницей

Created 1996-2024 by Maxim Chirkov
Добавить, Поддержать, Вебмастеру


	1. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	–1 +/–
	Сообщение от odity (ok) on 25-Авг-16, 15:54
	Вот в таких программах для меня было бы болевым шоком услышать,что в ПО найдена ошибка.
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #0 \| Наверх \| Cообщить модератору


	2. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+3 +/–
	Сообщение от _ (??) on 25-Авг-16, 16:09
	Экая вы дамочка мнительная :-\ Ошибки там есть, 100% ! Как и в ПО самолётов к примеру. Смотри не уссы**ь со страху на ночь глядя :))))
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #1 \| Наверх \| Cообщить модератору


	3. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+4 +/–
	Сообщение от anonymous (??) on 25-Авг-16, 18:02
	У тебя в ДНК тоже есть ошибки :)
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #1 \| Наверх \| Cообщить модератору


	4. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+/–
	Сообщение от Аноним (??) on 25-Авг-16, 18:10
	Наконец-то стали появляться нормальные дизассемблеры для ДНК.
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #0 \| Наверх \| Cообщить модератору


	5. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+1 +/–
	Сообщение от ZloySergant (ok) on 26-Авг-16, 00:34
	Благодарю за информацию. Буду рекомендовать (посмотреть, студиозусы, местами, - опытные) своим студентам с биохима. P.S. Вроде с февраля, но как-то мимо меня пролетала информация. Странно (бухать, что-ли, меньше?). P.P.S. Последнее - риторический вопрос, если что.
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #0 \| Наверх \| Cообщить модератору


	13. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+/–
	Сообщение от rob pike on 26-Авг-16, 07:11
	> Автоматическое сканирование публикаций в базе PubMed с помощью набора bash-скриптов показало, что около 20% таблиц с данными в научных работах по генетике содержат ошибки конвертации данных Excel
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #1 \| Наверх \| Cообщить модератору


	14. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+/–
	Сообщение от rob pike on 26-Авг-16, 07:16
	Успехи немного преувеличены. > ген не является ни дискретным, ни непрерывным, не имеет ни постоянной локализации, ни ясной функции, ни даже постоянных последовательностей, и не имеет определенных границ. Последние результаты проекта ENCODE еще более усложнили понятие гена.
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #4 \| Наверх \| Cообщить модератору


	15. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+/–
	Сообщение от rob pike on 26-Авг-16, 07:22
	> Дискретный ген все прошлое столетие определял мышление биологов. Но попытки обращения такого сложного понятия в дискретную физическую структуру с ясно определенными границами, всегда казались проблематичными, и ныне видятся обреченными на провал. Вместо этого ген превратился в гибкую сущность с границами, определенными комбинацией пространственной организации и местоположения, способностью определенно ответить на специфический набор клеточных сигналов, и отношениями между формой выражения и окончательным фенотипическим эффектом” (Дайллон 2003, 457). Ряд молекулярных биологов, понимающих, что концепции генной транскрипции или генетического выражения, вероятно не достаточны, чтобы захватить сложную архитектуру транскрибируемости многих эукариотов, предложили более общий понятие "геномной транскрипции", учитывающее интеграцию транскриптов РНК, содержащих выходящие за пределы канонических генов последовательности. Это представление не столь просто совместить с классической молекулярной концепцией гена, который в силу подобной перспективы становится похожим “на статистические пики в пределах более широкой картины выражения генома”
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #14 \| Наверх \| Cообщить модератору


	16. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+1 +/–
	Сообщение от rob pike on 26-Авг-16, 07:47
	Это не ошибки. > в руки попалась статья двухмесячной давности, где японцы рассказывают как им удалось переназначить СТОП-кодон (UAG) кишечной палочки одной из аминокислот, и при этом сделать всего лишь неколько генетических модификаций во избежание летального исхода! Свой абстракт они заключают так: "Результат обнаруживает неожиданную гибкость генетического кода". > СТОП-кодоны узнаются не молекулами тРНК, как обычные кодоны, а специальными белками, называемыми факторами терминации (release factors). Они запускают цепь реакций, в итоге которых рибосома освобождается от мРНК. Если эти белки по какой-то причине отсутствуют в клетке, рибосома "зависает" на СТОП-кодонах и производство белков останавливается. > Японцы нокаутировали ген, кодирующий фактор терминации RF-1. Он узнает один из стоп-кодонов, а именно UAG. Зато они ввели глутаминовую тРНК с антикодоном для UAG. Это значит, что те гены, которые заканчиваются на UAG, будут транслироваться дальше, до тех пор пока в той же рамке считывания не встретится другой стоп-кодон - UAA или UGA. > Но перед этим они уточнили из других источников, какие из генов E.coli являются ключевыми, т.е. такими, нокаут одного из которых ведет к гибели клетки. Таких генов в геноме палочки менее 10%. Это вовсе не значит, что бактерия будет жить, если остальные 90% генов выключить. Это значит, что если хотя бы один из этих 10% выключен - клетка умирает. > Среди ключевых генов нашлось всего семь штук, которые заканчиваются UAG-кодоном. Остальные заканчиваются другими СТОП-кодонами (UAA или UGA). Японцы методом исключения выяснили, что из этих семи генов только одному необходимо заменить UAG кодон на UAA, чтобы он терминировался правильно. Остальные 6 белков вполне себе переживают тот факт, что у них есть ненужный хвост. Что уж говорить про неключевые гены. > Правда, оказывается, что у E.coli почти половина генов, заканчивающихся на UAG, имеют еще и запасной СТОП-кодон (UAA или UGA) в пределах всего десяти триплетов от конца гена и в той же рамке считывания. Поэтому в этих белках лишний хвост был совсем маленький, примерно из десяти аминокислот. Но есть гены, у которых запасного СТОП-кодона нет и первый попавшийся случайно UAA- или UGA-кодон может оказаться далеко. И ничего - все работает!
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #3 \| Наверх \| Cообщить модератору


	17. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+/–
	Сообщение от АнонимХ (ok) on 26-Авг-16, 11:51
	Какого рода конвертация была? Флоат2инт что ли? Целочисленное переполнение?
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #13 \| Наверх \| Cообщить модератору


	18. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	–1 +/–
	Сообщение от rob pike on 26-Авг-16, 11:59
	Вы не о том спрашиваете. Задайтесь лучше вот каким вопросом - если только ошибок конвертации, и только из-за Excel, и только одним автоматическим скриптом на bash, было обнаружено в каждой пятой работе - сколько же тогда всего ошибок в этих работах?
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #17 \| Наверх \| Cообщить модератору


	19. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+/–
	Сообщение от АнонимХ (ok) on 26-Авг-16, 14:27
	> же тогда всего ошибок в этих работах? Да, смысл понятен сразу был, после первого твоего сообщения
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #18 \| Наверх \| Cообщить модератору


	20. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	–1 +/–
	Сообщение от Аноним (??) on 27-Авг-16, 22:22
	клоун: и зачем было это писать? Ты прав, ошибки есть и они необходимы. ДНК - это программа, по которой белки-строители собирают другие белки, создавая клетку. ДНК каждой клетки описывает весь организм. На всякий случай она продублирована (не у всех, у простейших она одна, а у бобовых по хитрому закольцована), что позволяет избегать ошибок. Белки-строители разбирают ДНК, проверяют что обе цепи совпадают (если нет, то запускается механизм самоуничтожения клетки), делают копию участка ДНК (= РНК, мРНК), собирают ДНК заново. Затем по РНК собирают белки. Собирают наплевательски, зато быстро. Вторая группа белков проверяет, что сборка прошла успешно. Если допущена ошибка - белок отбраковывается и разрушается. В брак попадает до 30% всех собранных белков. В случае острого стресса или дефицита пищи отбраковка не выполняется. Программа ДНК состоит из: 1. указания какая аминокислота (из них состоят белки) нужна. 2. переходов GOTO 3. признака конца последовательности Наибольший интерес представляют переходы, их количество может достигать 80% всей информации в ДНК. ДНК хранит информацию обо всех накопленных возможностях. Т.е. ДНК человека хранит информацию о жабрах (рыбы) и хлорофилах (растения). Типа когда-нибудь пригодится. Именно переходы и отбраковка являются движущей силой эволюции: даже самые небольшие изменения могут привести к серьёзным последствиям. ДНК всех немножко отличается, но это не имеет значения, пока не возникнет серьёзная угроза. Пример 1: малярия убивает. Серпоклеточная анемия (СА) - генетическое заболевание, при котором кровь переносит меньше кислорода; больные СА не болеют малярией. В центральной Африке очень многие больны СА. Тысячелетиями это было важно для выживания. С 4 тысячелетия до н.э. это позволяло избежать попадания в рабство (рабовладельцы не хотели заболеть малярией, поэтому избегали этих районов). Пример 2: химический завод отравляет реку, в реке умирают карпы (отравление), за карпами умирают щуки (голод). Спустя 10 лет появляются карпы, устойчивые к химикатам. Ирония в том, что они накапливают химикаты, поэтому ни щуки, ни люди есть их не могут. Из-за этого карпы сильно расплодились, полностью восстановив популяцию, но они медленнее плавают, что не позволяет им выйти за пределы заражённой воды.
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #16 \| Наверх \| Cообщить модератору


	21. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	–1 +/–
	Сообщение от Аноним (??) on 27-Авг-16, 22:34
	клоун: исследования последних лет показывают, что ДНК также может хранить оперативную информацию. Папу-мышь помещали в камеру где после запаха одеколона следовал болезненный удар током, выработав условный рефлекс. У него взяли сперму и с помощью ЭКО оплодотворили маму-мышь. У детей сохранился папин рефлекс, хотя у мамы его нет и ни мама, ни дети никогда не встречали папу и не нюхали одеколон. Яйцеклетки женщин создаются во время рождения и больше не изменяются. Сперматозоиды мужчин создаются в течении всей жизни. Раньше считалось, что это нужно для массового оплодотворения, типа даже один мужик может покрыть сотни тысяч самок (природа сильно избыточна когда речь идёт о продолжении рода), но этот опыт показывает, что есть и другие причины. Что более интересно, раз ДНК может передавать информацию, интересны границы этой возможности. Зачем учить человека, если можно заложить это в гены?
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #16 \| Наверх \| Cообщить модератору


	22. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+/–
	Сообщение от Аноним (??) on 27-Авг-16, 22:48
	клоун: ген по определению - это последовательность ДНК, дающая организму определённые признаки. Напр. ген зелёных глаз, ген синих глаз и т.д. Суть в том, что в большинстве случаев одна последовательность отвечает за несколько признаков. А некоторые вещи вообще жёстко не кодируются, напр. пол черепах определяется температурой (яйца в песок зарывают). В силу высокой сложности подобных исследований, работа ведётся по принципу: вот ДНК и набор признаков. И там 100 миллионов раз. А теперь давайте найдём что за что отвечает статистическими методами. Если не точную последовательность, то хотя бы зацепки в какую сторону копать.
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #15 \| Наверх \| Cообщить модератору


	23. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+/–
	Сообщение от Аноним (??) on 27-Авг-16, 23:31
	клоун: в биохимии различают несколько видов связей: 1. жёсткие - это связи в молекулах веществ, напр. вода H2O 2. слабые - это связи, которые возникают если вещества находятся рядом. Их легко создать и легко разорвать, но сами они не разорвутся. Так напр. молекула аденозина может "притянуть" 1 или 2 молекулы фосфорной кислоты. Т.о. получится АДФ или АТФ. аденозин + энергия + фосфорная кислота = АДФ + вода. АДФ + энергия + фосфорная кислота = АТФ + вода. Формулы обратимы. АДФ и АТФ являются "энергией" клетки. 3. очень слабые связи. Возьмём белок, состоящий из 20 аминокислот: 0123456789АБВГДЕЁЖЗИ Между 3 и Ё возникнет слабая связь, добавим энергию и молекула свернётся. После этого 0А и 39 образуют очень слабые связи, что приведёт ещё к одному сворачиванию. После этого 4ГЖ (3 аминокислоты) с помощью очень слабой связи смогут соединиться с молекулой кислорода. Бинго! Теперь мы можем переносить кислород (дыхание). Полученный белок имеет сложную трёхмерную структуру и "работает" только в ней. Можно заметить, что не все основания используются. Неиспользуемые можно заменять на что угодно. Можно (в разумных пределах) увеличивать и уменьшать размеры неиспользуемых последовательностей аминокислот. Это позволяет избежать ситуации, когда небольшие изменения в ДНК моментально убивают организм. У вирусов это позволяет "срастить" два белка, дав им одинаковое начало или конец с помощью переходов и т.о. уменьшить размер ДНК. PS: в своё время я сильно увлекался биохимией и узнал очень многое о том, что такое жизнь и как работает организм на молекулярном уровне. А также то, как организованы насекомые (их органы чувств, датчики сгиба лапки, и т.п.), что сегодня помогает мне в моих занятиях робототехникой.
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #16 \| Наверх \| Cообщить модератору


	24. "Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24"	+/–
	Сообщение от Аноним (??) on 28-Авг-16, 08:33
	Если они просканируют bash-скрипты статическим анализатором, то обнаружат что около 80% bash-кода состоит из ошибок, а количество ошибок в научных работах по генетике равно мнимой единице.
	Ответить \| Правка \| ^ к родителю #13 \| Наверх \| Cообщить модератору