The OpenNET Project / Index page

[ новости /+++ | форум | теги | ]

Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.24

25.08.2016 00:18

Доступен релиз UGENE 1.24, пакета для работы молекулярного биолога, предоставляющий инструменты для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, филогенетического анализа, редактирования и аннотирования нуклеотидных и белковых последовательностей, поддержания биоинформационной базы данных, визуализации, поиска геномных вариаций, работы с хроматограммами и многого другого. Исходные тексты UGENE распространяются под лицензией GPLv2, сборки доступны для Windows, OS X и Linux.

В новом выпуске в дизайнер вычислительных схем добавлен новый элемент «Преобразование вариаций SnpEff в аннотации», который преобразует вариации с информацией от SnpEff в стандартные аннотации, которые вы можете открыть в редакторе последовательностей. Улучшена работа схем NGS.



  1. Главная ссылка к новости (http://ugene.net/news.html#110...)
  2. OpenNews: Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.23
  3. OpenNews: Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.22.0
  4. OpenNews: Выпуск биоинформационной программы UGENE 1.21
Автор новости: Юлия Альгаер
Лицензия: CC BY 3.0
Короткая ссылка: https://opennet.ru/45024-ugene
Ключевые слова: ugene
При перепечатке указание ссылки на opennet.ru обязательно


Обсуждение (17) Ajax | 1 уровень | Линейный | +/- | Раскрыть всё | RSS
  • 1.1, odity (ok), 15:54, 25/08/2016 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • –1 +/
    Вот в таких программах для меня было бы болевым шоком услышать,что в ПО найдена ошибка.
     
     
  • 2.2, _ (??), 16:09, 25/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +3 +/
    Экая вы дамочка мнительная :-\
    Ошибки там есть, 100% ! Как и в ПО самолётов к примеру.
    Смотри не уссы**ь со страху на ночь глядя :))))
     
  • 2.3, anonymous (??), 18:02, 25/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +4 +/
    У тебя в ДНК тоже есть ошибки :)
     
     
  • 3.16, rob pike (?), 07:47, 26/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +1 +/
    Это не ошибки ... большой текст свёрнут, показать
     
     
  • 4.20, Аноним (-), 22:22, 27/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • –1 +/
    клоун и зачем было это писать Ты прав, ошибки есть и они необходимы ДНК - это... большой текст свёрнут, показать
     
  • 4.21, Аноним (-), 22:34, 27/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • –1 +/
    клоун: исследования последних лет показывают, что ДНК также может хранить оперативную информацию.

    Папу-мышь помещали в камеру где после запаха одеколона следовал болезненный удар током, выработав условный рефлекс. У него взяли сперму и с помощью ЭКО оплодотворили маму-мышь. У детей сохранился папин рефлекс, хотя у мамы его нет и ни мама, ни дети никогда не встречали папу и не нюхали одеколон.

    Яйцеклетки женщин создаются во время рождения и больше не изменяются. Сперматозоиды мужчин создаются в течении всей жизни. Раньше считалось, что это нужно для массового оплодотворения, типа даже один мужик может покрыть сотни тысяч самок (природа сильно избыточна когда речь идёт о продолжении рода), но этот опыт показывает, что есть и другие причины.

    Что более интересно, раз ДНК может передавать информацию, интересны границы этой возможности. Зачем учить человека, если можно заложить это в гены?

     
  • 4.23, Аноним (-), 23:31, 27/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    клоун: в биохимии различают несколько видов связей:
    1. жёсткие - это связи в молекулах веществ, напр. вода H2O

    2. слабые - это связи, которые возникают если вещества находятся рядом. Их легко создать и легко разорвать, но сами они не разорвутся. Так напр. молекула аденозина может "притянуть" 1 или 2 молекулы фосфорной кислоты. Т.о. получится АДФ или АТФ.

    аденозин + энергия + фосфорная кислота = АДФ + вода.

    АДФ + энергия + фосфорная кислота = АТФ + вода.

    Формулы обратимы. АДФ и АТФ являются "энергией" клетки.

    3. очень слабые связи. Возьмём белок, состоящий из 20 аминокислот:

    0123456789АБВГДЕЁЖЗИ

    Между 3 и Ё возникнет слабая связь, добавим энергию и молекула свернётся. После этого 0А и 39 образуют очень слабые связи, что приведёт ещё к одному сворачиванию. После этого 4ГЖ (3 аминокислоты) с помощью очень слабой связи смогут соединиться с молекулой кислорода. Бинго! Теперь мы можем переносить кислород (дыхание).

    Полученный белок имеет сложную трёхмерную структуру и "работает" только в ней.

    Можно заметить, что не все основания используются. Неиспользуемые можно заменять на что угодно. Можно (в разумных пределах) увеличивать и уменьшать размеры неиспользуемых последовательностей аминокислот.

    Это позволяет избежать ситуации, когда небольшие изменения в ДНК моментально убивают организм.

    У вирусов это позволяет "срастить" два белка, дав им одинаковое начало или конец с помощью переходов и т.о. уменьшить размер ДНК.

    PS: в своё время я сильно увлекался биохимией и узнал очень многое о том, что такое жизнь и как работает организм на молекулярном уровне. А также то, как организованы насекомые (их органы чувств, датчики сгиба лапки, и т.п.), что сегодня помогает мне в моих занятиях робототехникой.

     
  • 2.13, rob pike (?), 07:11, 26/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > Автоматическое сканирование публикаций в базе PubMed с помощью набора bash-скриптов показало, что около 20% таблиц с данными в научных работах по генетике содержат ошибки конвертации данных Excel
     
     
  • 3.17, АнонимХ (ok), 11:51, 26/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Какого рода конвертация была? Флоат2инт что ли? Целочисленное переполнение?
     
     
  • 4.18, rob pike (?), 11:59, 26/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • –1 +/
    Вы не о том спрашиваете. Задайтесь лучше вот каким вопросом - если только ошибок конвертации, и только из-за Excel, и только одним автоматическим скриптом на bash, было обнаружено в каждой пятой работе - сколько же тогда всего ошибок в этих работах?
     
     
  • 5.19, АнонимХ (ok), 14:27, 26/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > же тогда всего ошибок в этих работах?

    Да, смысл понятен сразу был, после первого твоего сообщения

     
  • 3.24, Аноним (-), 08:33, 28/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Если они просканируют bash-скрипты статическим анализатором, то обнаружат что около 80% bash-кода состоит из ошибок, а количество ошибок в научных работах по генетике равно мнимой единице.
     

  • 1.4, Аноним (-), 18:10, 25/08/2016 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +/
    Наконец-то стали появляться нормальные дизассемблеры для ДНК.
     
     
  • 2.14, rob pike (?), 07:16, 26/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Успехи немного преувеличены.

    > ген не является ни дискретным, ни непрерывным, не имеет ни постоянной локализации, ни ясной функции, ни даже постоянных последовательностей, и не имеет определенных границ. Последние результаты проекта ENCODE еще более усложнили понятие гена.

     
     
  • 3.15, rob pike (?), 07:22, 26/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > Дискретный ген все прошлое столетие определял мышление биологов. Но попытки обращения такого сложного понятия в дискретную физическую структуру с ясно определенными границами, всегда казались проблематичными, и ныне видятся обреченными на провал. Вместо этого ген превратился в гибкую сущность с границами, определенными комбинацией пространственной организации и местоположения, способностью определенно ответить на специфический набор клеточных сигналов, и отношениями между формой выражения и окончательным фенотипическим эффектом” (Дайллон 2003, 457). Ряд молекулярных биологов, понимающих, что концепции генной транскрипции или генетического выражения, вероятно не достаточны, чтобы захватить сложную архитектуру транскрибируемости многих эукариотов, предложили более общий понятие "геномной транскрипции", учитывающее интеграцию транскриптов РНК, содержащих выходящие за пределы канонических генов последовательности. Это представление не столь просто совместить с классической молекулярной концепцией гена, который в силу подобной перспективы становится похожим “на статистические пики в пределах более широкой картины выражения генома”
     
     
  • 4.22, Аноним (-), 22:48, 27/08/2016 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    клоун: ген по определению - это последовательность ДНК, дающая организму определённые признаки. Напр. ген зелёных глаз, ген синих глаз и т.д.

    Суть в том, что в большинстве случаев одна последовательность отвечает за несколько признаков. А некоторые вещи вообще жёстко не кодируются, напр. пол черепах определяется температурой (яйца в песок зарывают).

    В силу высокой сложности подобных исследований, работа ведётся по принципу: вот ДНК и набор признаков. И там 100 миллионов раз. А теперь давайте найдём что за что отвечает статистическими методами. Если не точную последовательность, то хотя бы зацепки в какую сторону копать.

     

  • 1.5, ZloySergant (ok), 00:34, 26/08/2016 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +1 +/
    Благодарю за информацию. Буду рекомендовать (посмотреть, студиозусы, местами, - опытные) своим студентам с биохима.

    P.S. Вроде с февраля, но как-то мимо меня пролетала информация. Странно (бухать, что-ли, меньше?).

    P.P.S. Последнее - риторический вопрос, если что.

     

     Добавить комментарий
    Имя:
    E-Mail:
    Текст:



    Партнёры:
    PostgresPro
    Inferno Solutions
    Hosting by Hoster.ru
    Хостинг:

    Закладки на сайте
    Проследить за страницей
    Created 1996-2024 by Maxim Chirkov
    Добавить, Поддержать, Вебмастеру