Использование своего ядра обусловлено наличием дополнительной функциональности, которая еще не вошла в основную ветку. Эта функциональность позволяет делать действительно изолированные контейнеры и показывать более высокую производительность.Команда участвует в разработке Docker-а, точнее той части, которая занимается созданием контейнеров в нем.
Часть дополнительной функциональности постоянно переносится в основную ветку, что освобождает ресурсы на создание чего-то нового.
Так же в Virtuozzo собственный гипервизор был заменен на KVM и парни успешно влились в его сообщество, участвуют в его развитии.
Думаю, рано вы решили закапывать;)