http://projects.marsching.org/mysql_quota/
The MySQL Quota-Tool helps you to set a size limit on MySQL databases.It works by checking the size of each database and revoking the INSERT- and CREATE-priveleges for the databases, which exceed the given size limit.
When the size of the database falls below the given limit, the INSERT- and CREATE-priveleges are granted again.
не мегакрасивое решение, но зато без фатальных последствий для пользователя, базы и тп.
хотя лучшим решением наверно будет комбинация 2-х решений, чтобы какой-нить запрос вроде load data( которым можно гигабайты заливать), не завалил диск