Только что установил Go-OO 3.1-10 под оффтопик, открыл диссертацию жены, обновил оглавление - оно осталось на месте, гиперссылки работают.В ОО есть хуже проблема - с перекрестными ссылками. В МСО более гибкий механизм перекрестных ссылок.
В ОО перекрестную ссылку можно вставить двумя способами:
1) на нумерованный абзац - в виде его номера,
2) на закладку - в виде страницы, главы и др., кроме номера абзаца.
Первый вариант негибкий - ни в коем случае нельзя вручную менять местами абзацы в нумерованным списке литературы - ссылки летят к едрене-фене: "ошибка: источник перекрестной ссылки не найден". Нужно только кнопочками "переместить вверх/вниз" на панели "Маркеры и нумерация".
Второй вариант вообще малопригоден - в тексте диссертаций и научных статей принято ссылаться на источники по их номерам в списке литературы.
Поэтому ОО показывает пустые перекрестные ссылки вместо номеров абзацев, ссылки работают, но документ к распечатыванию непригоден.