Во-первых, вы ничего не поняли. Они не мешают, они лежат не на своем месте.
Причем, не столько *.pyc, сколько *.py при наличии *.pyc.> Если *.pyc уж так уж мешают, то можно сделать export PYTHONDONTWRITEBYTECODE=yes
Да, на текущий момент, это решение. Только не во всех пакетных дистрибутивах опять-таки от *.pyc легко избавиться.
Правда я уже говорил, я на данный момент нашел для себя решение еще лучше.
Стараться не использовать Питон, и убирать его ото всюду, откуда можно.
> А ещё можно удалить *.py и оставить только скомпилированный байткод.
А это будет работать со всеми библиотеками/фреймворками?
Вы проверяли? Это поддерживается?
> Только не понятно зачем: какая разница, что лежит в lib/python/site-packages/* ?
Вы забыли еще про lib/python/*
Если вам не понятно и нет разницы, то это действительно вас не должно волновать.
Так же как вам, судя по всему, не будет разницы, если в каких-то реализациях Питона это будет сделано по-другому.
И вообще, как было сказано в начале поста, вы не правильно поняли суть вопроса.
А если вам нет разницы, и вы не понимаете проблему, зачем давать пустые советы?
Чтобы казаться умнее?