Ну, а я чего выше написал? Нужен или модуль в коде FS, следящий за "странностями" на диске и устраняющий их, или отдельная программа с теми же самыми функциями. Пока ни то, ни другое для широкой публики недоступно.То, что есть на текущий день - демка fsck. Она большую часть нелогичностей находит, но и только... Мозгов и умений для приведения диска в надлежащий вид у нее нет.
На данный момент один из ведущих разработчиков активно над fsck работает и обещает ее доделать в течение недели-двух (правда, обещает он это на протяжении последнего года).
Если я правильно понял разработчиков, то сначала постараются сделать отдельную утилитку для починки диска. А затем, если утилита будет работать нормально, постараются запихать ее в код FS, чтобы она работала автоматически и незаметно для пользователя.