> В Windows как раз таки идет разделение, системные программы лежат в C:\Windows\,
> а пользовательские в C:\Program Files\, а также в тех папках (которые
> указывает сам пользователь).
> P.S. По крайней мере, так было в Windows XP.В "Program Files" кладётся банально то, что легко отделить от системы. Это по-прежнему часть винды. Проще говоря, там лежит то, что разработчикам винды показалось удобнее и/или логичнее положить туда, и всё.
Хорошее разделение в Windows есть в другой области: Local Settings в пользовательском профиле. Казалось бы мелочь, но при грамотном использовании повышает скорость работы с сетевыми профилями (в AD). FreeDesktop.org двинулись в этом направлении, сделав ~/.local, но в никсах это смотрится несколько убого. Логичнее было бы /var/tmp с квотами, но и этот вариант не без подводных камней...