gconf2 не видели? С gnome-settings-daemon?И, да, его было бы неплохо переделать, сделать нормальный /etc^W /conf на манер /proc. Большинство конфигов разных программ отличаются только синтаксисом, а семантику имеют одну и ту же — key-value пары, иногда раскиданные по категориям. С очень простой системой типов.
Добавляем оверлей ($HOME/.config поверх /conf, и — наконец-то — оверрайд настроек per-entry а не per-file), делаем враппер для legacy-софта (FUSE представляет /conf/libao/* в виде /etc/libao.conf), в новом софте чтение конфига делаем не 9001-й реализацией k-v парсера, а простыми сисколлами open/read/write/close, получаем конфетку.
Комментарии, контроль версий — это все решаемо, причем без костылей.
Единственная реальная беда вендореестра — в том, что это отдельная сущность, оторванная от всего. В остальном, структурированное хранилище лучше, нежели файлы-портянки. Все что ломается — привычки работы. Ну так с /proc и /sys работают и все в порядке. Зато упрощается весь софт — больше не нужно тащить каждому по собственному парсеру собственного синтаксиса.