>будет периодически пытаться обновить свою БД на каждом запросеЕсли присвоить metadata_expire в /etc/yum.repos.d/*.repo правильное значение - то yum будет обновлять базу не каждый раз, а через заданный промежуток. Например: в fedora.repo metadata_expire=7d, в fedora-updates.repo metadata_expire=1d (неделя и 1 день соответственно). При необходимости это можно задать явно в командной строке.
>основной потребитель памяти в VPS это менеджер пакетов
Демона обновлений, yum-updatesd, я либо не устанавливаю либо сношу, если память нужна для чего-то другого, как впрочем и все остальные необязательные или ненужные сервисы ;)