У двухпанельников есть свои фишки. Прежде всего это крайне удачно подобранные хоткеи - FX для view/edit/copy/move/delete, insert для выделения - и случайно не нажмешь, и на виду.Во-вторых - именно вертикальный список, который гораздо легче читается для всего, кроме фоток (а тумбы, в общем-то, только для них пригодны). При этом в глаза бросаются мелкие различия в именах файлов или атрибутах(они ж друг под другом).
Третье - именно двухпанельность. С одной стороны - выбрав source мы этим автоматом выбираем destination. С другой - поскольку панели друг о друге знают, возможны и тривиальны операции вроде "показать в соседней панели тот же каталог (или его родителя)", "получить имя выбранного файла в соседней панели" и т.п. - и это еще одна "правильная" фича двухпанельников, так как для консольных операций одного списка явно маловато.
Ну и всё, что на это навешивается - результаты поиска сравнить с содержимым каталога, и т.п. Нужно всё это отнюдь не только для "бессмысленного тасования файлов" - к примеру, по дереву исходников так бегать удобнее, особенно сравнивая какие-то куски. В 90% случаев даже IDE особо не нужна. В общем, много плюсов...