> Трей удобен

Трей -- это решение проблем, вызванных вендо-способом организации интерфейса. В винде очень долгое время не было виртуальных рабочих столов, нужно куда-то спрятать долгоиграющие приложения. Выдумали трей. В кедах сидят вантузоиды из дуалбута и пользуются от силы четырьмя рабочими столами, -- тоже трей нашел свое применение, чисто по инерции. У меня в i3 рабочих столов 20, телеграм на одном, почтовик на другом, торрент-клиент на третьем, RSS на еще одном -- и ни для одного из них мне трей не нужен. Потому что в i3 такой проблемы, как "эх, куда бы мне спрятать окна", нету в принципе.

Что касается такого применения трея, как "вывод уведомлений", то и тут он потерял свою актуальность с приходом Desktop Notifications Specification. AFAIK даже в вантузе появился схожий апи, но вендопривычки преодолевать будут еще долго.

Третий аргумент -- от последовательности и внутренней непротиворечивости архитектуры. Окнами должен управлять оконный менеджер, и то, что некоторые программы пытаются управлять сами собой, и есть проявление пресловутого велосипедизма. Причем велосипеды у таких программ получаются, как ты выразился, без колес:

/* Request the _XEMBED_INFO property. The XEMBED specification
* (which is referred by the tray specification) says this *has* to
* be set, but VLC does not set it… */
https://github.com/i3/i3/blob/dae37a902b9826fb846a87597657ee...

/* Fake a DestroyNotify so that Qt re-adds tray icons.
* We cannot actually destroy the window because then Qt will not restore
* its event mask on the new window. */
https://github.com/i3/i3/blob/dae37a902b9826fb846a87597657ee...