Вы не достаточно компетентны, поэтому неверно трактуете положение дел и продолжаете валить с больной головы на здоровую.

1.
ReOpenLDAP не является пакетом какого-либо дистрибутива.
Его сборка и установка из исходных текстов предполагает наличие соответствующего опыта.
При этом ReOpenLDAP "ведет" себя совершенно ожидаемым образом (стандартное поведение configure, т.е. automake+autotools):
- по-умолчанию в качестве префикса используется /usr/local, а если вы сознательно ставите в корень, то должны понимать все последствия.
- совпадение имен каких-либо устанавливаемых файлов с имеющимися в файловой системе не является ошибкой, а затирание таких файлов является стандартным (обязательным) поведением.

Поэтому более-менее опытный админ будет устанавливать ReOpenLDAP (как и любой другой подобный софт) в /usr/local или /opt, либо "опакечивать" собственными руками, либо сознательно (с пониманием последствий) ставить по стандартным директориям (как вариант в chroot, docker и т.д.).

2.
ReOpenLDAP был сделан для МегаФона, как замена _серверной_ части OpenLDAP для решения проблем с нагруженной мульти-мастер репликацией (отсюда совпадение имен исполнимых модулей - обязательное требование).
Вы можете пользоваться результатом этой работы на основе принципов OpenSource.
Однако, никто не обещает (и тем более не гарантирует) что результат работы (в данном случае по требованиям МегаФона) подойдет "как есть" для других сценариев использования.

3.
ReOpenLDAP не предназначен (не было в целях) для одновременной установки вместе с OpenLDAP, но при необходимости это легко достигается установкой в /opt.
Все заголовочные файлы и библиотеки ReOpenLDAP не предназначены для сборки клиентского ПО, и не обязаны быть совместимыми с OpenLDAP.

---

Если вам требуется выполнение каких-то дополнительных требований, наличие дополнительных свойств, устранение каких-либо недостатков (проявляющихся в ваших сценариях) и т.п. - вносите изменения и оформляйте PR, либо заводите issue, либо создайте свой fork где сделайте всё как считаете нужным.