Сам с года два жил линух+2000 под вмварью, пока игрался в УОшку :)...
Из моего опыта:
Винду пускать со своего раздела можно, и ничего особо страшного нет, а даже наоборот очень удобно, у меня к примеру были две хардварные конфигурации одна для реальной загрузки другая для вмвари. При старте я просто выбирал нужный режим и мог грузить винду как в окошко, так и в фул моде. Нужна была только внимательность, позже скажу почему.
Для того чтобы запустить, создаешь новую гуест-ОС и указываешь ей реальные разделы, которые ей доступны. ВМварь все это предлагает. Также вмварь дает возможность указать разделы, которые гостевая ос может только читать а которые писать/читать, здесь проблема може быть в том, что лило, а я грузил ОСы им, хочет запись на партицию с которой грузит обе ОС и поэтому приходится линуксовый boot тоже давать на запись винде. Ну и надо не забыть запихать юзера, под которым крутится вмварь в группу disk, без этого с реальной партицией она работать не будет, только с виртуальными дисками.
Никакой угрозе данным по проблемам софта нет!
Только человеческий фактор :) Два года эксплуатации и единственной проблемой, которая у меня правда возникала раза 3, было следующее: при загрузке у меня лило в автомате стартовал линух. Если я пускал систему в окошко, стартовал лило, и если я тупил то у меня стартовал второй линух, что 1 раз привело к полной переустановке системы, а пару раз к конкретной работе чекфс над диском. Мне это честно говоря обошлось малой кровью, потому как вся реальная работа на сети.
Ну а после того как я забросил УОшку, то теперь весь виндовый офис который иногда нужен пускаю под wine, в основном визио, потому как с Word/Excel уже не плохо справляется и ОпенОфис, практически без проблем.
Под вмварью кстати на P3-1000/512 прекрасно бегал в страйк.