Вывод top
last pid: 75767;  load averages: 45.68, 39.72, 35.39                                                up 2+18:12:04  10:51:01
266 processes: 55 running, 211 sleeping
CPU states: 87.2% user,  0.0% nice, 12.8% system,  0.0% interrupt,  0.0% idle
Mem: 556M Active, 583M Inact, 198M Wired, 288K Cache, 112M Buf, 665M Free
Swap: 4096M Total, 36K Used, 4096M Free

  PID USERNAME PRI NICE   SIZE    RES STATE    TIME   WCPU    CPU COMMAND
18693 mysql     20    0   527M   245M kserel  38.0H 53.03% 53.03% mysqld
75438 apache     4    0 13732K  9004K sbwait   0:00  0.15%  0.15% httpd
67800 apache     4    0 17432K 12820K sbwait   1:00  0.00%  0.00% httpd

В чем может быть проблема. Отключаю Mysql. Все ОК. Загрузка 0 %.
Из phpMyAdmin
Статистика запросов: Со времени запуска 11,226,207 запросов было послано на сервер.
Всего       ø в час       ø в минуту       ø в секунду
11,226,207       233,142.65       3,885.71       64.76

Другие статусные переменные
Переменная       Значение
Binlog cache disk use       0
Binlog cache use       0
Created tmp disk tables       132
Created tmp files       6
Created tmp tables       676765
Delayed errors       0
Delayed insert threads       0
Delayed writes       0
Flush commands       1
Handler commit       0
Handler delete       912156
Handler discover       0
Handler read first       89257
Handler read key       765557999
Handler read next       1432355964
Handler read prev       4761
Handler read rnd       14179987
Handler read rnd next       2201779823
Handler rollback       0
Handler update       157817828
Handler write       19581596
    
Переменная       Значение
Key blocks not flushed       0
Key blocks unused       273229
Key blocks used       89623
Key read requests       1916555303
Key reads       105427
Key write requests       5311901
Key writes       417643
Max used connections       101
Not flushed delayed rows       0
Open files       559
Open streams       0
Open tables       512
Opened tables       827
Qcache free blocks       5823
Qcache free memory       19277640
Qcache hits       2866316
Qcache inserts       6884454
Qcache lowmem prunes       2948381
Qcache not cached       219427
Qcache queries in cache       13445
Qcache total blocks       32781
    
Переменная       Значение
Rpl status       NULL
Select full join       6
Select full range join       0
Select range       41037
Select range check       0
Select scan       563029
Slave open temp tables       0
Slave retried transactions       0
Slave running       OFF
Slow launch threads       0
Slow queries       7262
Sort merge passes       3
Sort range       269116
Sort rows       153041468
Sort scan       678849
Table locks immediate       8375201
Table locks waited       1136169
Threads cached       6
Threads connected       86
Threads created       24331
Threads running       85

Мне еще показалось, что это из-за работы с дисками
Вот вывод iostat
engine# iostat -w 2
      tty             ad4              ad6              ar0             cpu
tin tout  KB/t tps  MB/s   KB/t tps  MB/s   KB/t tps  MB/s  us ni sy in id
   0   57  0.52   0  0.00   0.52   0  0.00  21.22   4  0.08  79  0 11  1 10
   0  370  0.00   0  0.00   0.00   0  0.00  53.33   1  0.08  93  0  7  0  0
   0  444  0.00   0  0.00   0.00   0  0.00  16.00   2  0.03  88  0 12  1  0
   0  474  0.00   0  0.00   0.00   0  0.00   0.00   0  0.00  93  0  7  0  0

Как с этим можно бороться. Стоит RAID зеркалирование.