В статье "Manage packages using Stow" описывается Stow - альтернативный интерфейс для управления пакетами программ в Red Hat и Debian Linux. Идея в том, что мы берем обычную программу в исходных текстах, устанавливаем ее в /usr/local/stow, далее запускаем Stow, который не копирует бинарные файлы а просто создает симлинки, соответственно при удалении или обновлении "пакета" просто удаляются или корректируются симлинки.

Главную проблему пакетных менеджеров - контроль зависимостей, Stow не затрагивает.