создаём FIFO-файл:
   mkfifo bmovl

подготавливаем ваш логотип:
   convert logo.png logo.rgb

запускаем mplayer:
   mplayer -vf bmovl=0:1:./bmovl videoclip.avi

пока запущен mplayer делаем следующее:
отсылаем в FIFO параметры логотипа (см. man) 
первые две цифры,- его разрешение, необходимо указать точно!
   echo "RGB24 24 24 10 10 0 1" > bmovl

и сразу кидаем в FIFO ваш логотип в формате RGB:
   cat logo.rgb > bmovl