в [mysqld] секции my.cnf:

# Минимальное время запроса, которое не будет помещено в лог.
long_query_time=10 
# Файл в котором будут отображаться слишком долгие запросы.
# можно использовать опцию -mysqld -log-slow-queries=file
log-slow-queries=/var/log/mysqld/slowquery.log

Для ведения полного лога всех запросов, нужно использовать опцию mysqld --log=allquery.log