innodb_buffer_pool_size  - чем больше, тем лучне, например 70-80% от размера ОЗУ, 
   но нет смысла устанавливать значение превышающее размер базы более чем на 10%. 
   По идее нужно экспериментально вычислить сколько требуется памяти для системы, 
   и отдать остальное под буферизацию с небольшим запасом, чтобы не допустить своппинг.

innodb_log_file_size - зависит от требований к скорости восстановления после сбоя,  
   256Мб - хороший баланс между скоростью восстановления и производительностью системы;

innodb_log_buffer_size=4M,  4Мб подходит для большинства ситуаций, 
   за исключением случая работы с большими блоками данных, хранимых в Innodb таблицах;

innodb_flush_logs_at_trx_commit=2 - если не важен ACID и после краха системы 
   допустимо потерять транзакции за последние 1-2 секунды;

innodb_thread_concurrency=8, значение по умолчанию вполне адекватно, 
   можно попробовать уменьшить или увеличить и посмотреть на изменение производительности.

innodb_flush_method=O_DIRECT - исключает двойную буферизацию и уменьшает воздействие 
   на файл подкачки. Но следует соблюдать осторожность, если ваш RAID без аварийной батарейки.

innodb_file_per_table - можно использовать, если число таблиц невелико.

При разработке приложения можно обратить внимание на использование режиме
READ-COMMITED (transaction-isolation=READ-COMITTED).