Использование mplayer и gimp для создания gif-анимации на основе видеофрагментов.

1. Устанавливаем gimp и mplayer:

   sudo apt-get install gimp mplayer 
или
   yum install gimp mplayer

2. Методом тыка выбираем интервал для экспорта:

   mplayer -ao null -loop 0 -ss 0:11:22 -endpos 5 file.avi

loop означает, что фрагмент будет проигрываться, пока пользователь не нажмёт Ctrl+C, 
таким образом можно увидеть, на что будет похож конечный файл.

3. Экспортируем фрагмент в jpg:

   mplayer -ao null -ss 0:11:22 -endpos 5 file.avi -vo jpeg:outdir=moviedirectory

4. Сводим полученные jpeg'и в gimp, ("File / Open As Layers", "Файл / Открыть как слои"),
сохраняем как анимированный gif. 

Дополнение от pavlinux:
   mplayer video.avi -ss hh:mm:ss.lll -endpos hh:mm:ss.lll -vf \
       scale=160:120 -vo gif89a:fps=3:output=out.gif -nosound

hh:mm:ss:lll - часы:минуты:секунды:миллисекунды