APT (aptitude, apt-get) не проходит в интернет напрямую через MS ISA (proxy).
Проблема в NTLM авторизации от MS. В сети можно найти описание решения
(http://michaelcarden.net/blog/index.php?p=58) через задействование локального
прокси-сервера ntlmaps, но работать этот метод отказался.

Решение нашлось на сайте http://cntlm.sourceforge.net/
Конфигурационный файл данного прокси крайне прост (/etc/cntlm.conf):
 
   Username - имя пользователя для ISA
   Domain - имя MS-домена
   Password - пароль
   Proxy - сервер ISA (ip или имя) и его порт (8080)

Остальное не трогал.

Например:

    Username myname
    Domain MYDOMAIN
    Password mypass
    #Workstation - не понадобилось
    Proxy proxy.mynet.com:8080

После правки перезапускаем прокси:

    /etc/init.d/cntlm restart

Сам APT направляем на него так:

    touch /etc/apt/apt.config.d/proxy

В любом редакторе правим файл до состояния:

  Acquire::http::Proxy "http://127.0.0.1:3128/";
  Acquire::ftp::Proxy "ftp://127.0.0.1