Для оптимизации выполнения данной БД на сервере с несколькими процессорами (и hyperthreding) после 
конфигурирования FreeBSD c SMP рекомендую поставить linuxthreads и собрать MySQL с его поддержкой. 

Вот параметры для MySQL:

   env CC=gcc CFLAGS="-O3 -pipe -march=pentiumpro -D__USE_UNIX98 -D_REENTRANT \
      -D_THREAD_SAFE -DHAVE_BROKEN_REALPATH -I/usr/local/include/pthread/linuxthreads " \
      CXX=gcc CXXFLAGS="-O3 -pipe -march=pentiumpro -felide-constructors \
      -D__USE_UNIX98 -D_REENTRANT -D_THREAD_SAFE \
      -DHAVE_BROKEN_REALPATH -I/usr/local/include/pthread/linuxthreads " \
  ./configure \
     --prefix=/usr/local/mysql \
      --with-mysqld-user=dbuser \
      --with-charset=koi8_ukr \
      --with-innodb \
      --with-extra-charsets=none \
      --without-isam \
      --with-mysqld-user=dbuser \
      --enable-assembler \
      --mandir=/usr/local/man \
      --with-mysqld-ldflags=-all-static \
      --with-mit-threads=no \
      --enable-thread-safe-client \
      --disable-shared \
      --without-debug \
      --without-readline \
      --without-bench \
      --without-extra-tools \
      --with-mysqlfs \
      --with-vio \
      --with-named-thread-libs="-DHAVE_GLIBC2_STYLE_GETHOSTBYNAME_R \
     -D_THREAD_SAFE -DHAVE_BROKEN_REALPATH -I/usr/local/include/pthread/linuxthreads \
     -L/usr/local/lib -llthread -llgcc_r -llstdc++ -llsupc++" \
      --with-libwrap