1. cd /usr/src/; cvsup -g -L2 /etc/cvsupfile # cvsupfile составляем опираясь на /usr/share/examples/cvsup/stable-supfile
2. make buildworld
3. make buildkernel KERNCONF=имя_конфига_ядра
4. make installkernel KERNCONF=имя_конфига_ядра
5. make installworld
6. mergemaster
   Для пересборки ядра после make installworld: config MYKERNEL; make depend; make; make install

Дополнение: C 2012 года проект FreeBSD перешёл на использование Subversion.
Вместо cvsup следует использовать svnup (или freebsd-update для системы,
portsnap/pkg для портов):

   cd /usr/ports/net/svnup && make install
   svnup stable -h svn0.us-west.freebsd.org 
   svnup ports -h svn0.us-west.freebsd.org 

Настройки можно найти в файле /usr/local/etc/svnup.conf