1. Разметить флэшку

На всё пространство: 
   fdisk -BI /dev/da0

Интерактивно разбить на разделы: 
   fdisk -i /dev/da0
   (ID разделов:  UFS - 165, FAT32 - 11, EFI GPT - 238)

Используя конфиг-файл: 
   fdisk -f /poat/to/fdiskcofig.txt /dev/da0

2. Форматирование

MSDOS: 
   newfs_msdos -L DOS7 /dev/da0s1

FreeBSD: 
   bsdlabel -w -B da0s2 && newfs -n -U -L FBSD /dev/da0s2a

3. Установка загрузчика в MBR флэшки

   boot0cfg -v -B -o noupdate da0

4. Копирование системных каталогов на флэшку

   mount /dev/da0s2a /mnt

   cp -R /boot /mnt/
   cp -R /sbin /mnt/
   cp -R /libexec /mnt/
   cp -R /lib /mnt/
   cp -R /bin /mnt/
   cp -R /etc /mnt/

   mkdir -p /mnt/usr/
   cp -R /usr/bin /mnt/usr/
   cp -R /usr/compat /mnt/usr/
   cp -R /usr/games /mnt/usr/
   cp -R /usr/include /mnt/usr/
   cp -R /usr/lib /mnt/usr/
   cp -R /usr/libdata /mnt/usr/
   cp -R /usr/libexec /mnt/usr/
   cp -R /usr/local /mnt/usr/
   cp -R /usr/ports /mnt/usr/
   cp -R /usr/sbin /mnt/usr/
   cp -R /usr/share /mnt/usr/
   cp -R /usr/src /mnt/usr/
  
   cp -R /var /mnt/
   rm -rf /mnt/var/tmp/* && chmod -R 777 /mnt/var/tmp/
   rm -rf /mnt/var/run/*
   rm -rf /mnt/var/log/*

   mkdir -p /mnt/mnt/
   mkdir -p /mnt/media/
   mkdir -p /mnt/cdrom/
   mkdir -p /mnt/dev/
   mkdir -p /mnt/proc/
   mkdir -p /mnt/tmp/ && chmod -R 777 /mnt/tmp/
   mkdir -p /mnt/usr/obj/

5. Перенос домашних каталогов

   cp -R /root /mnt/
   cp -R /home /mnt/

6. Обеспечение загрузки с флэшки

   echo 'geom_label_load="YES"' >> /mnt/boot/loader.conf
   echo 'ifconfig_DEFAULT="DHCP"' >> /mnt/etc/rc.conf
   echo 'virecover_enable="NO"' >> /mnt/etc/rc.conf
   ee /mnt/etc/fstab:

   # Device    Mountpoint    FStype    Options            Dump    Pass#
   #/dev/ad4s1f    /usr        ufs    rw,noatime        2    2
   #/dev/ad4s1g    /home        ufs    rw,noatime        2    2
   /dev/ufs/FBSD    /    ufs rw,noatime    1    1
   md    /tmp    mfs    rw,-s160M,noatime    0    0
   md    /var/run    mfs    rw,-s14M,noatime    0    0
   md    /var/log    mfs    rw,-s26M,noatime    0    0
   #md    /usr/obj    mfs    rw,-s900M,noatime    0    0
   /dev/acd0    /cdrom    cd9660    ro,noauto,-CUTF-8    0    0
   /dev/da0s1    /mnt    msdosfs     rw,noauto,-D=CP1251,-L=ru_RU.UTF-8    0    0
   /proc    /proc    procfs    rw,noauto    0    0
   /tmp    /var/tmp    nullfs    rw    0    0

7. Перезагрузка

   umount /dev/da0s2a
   reboot

8. Важное замечание

Команды копирования системных каталогов необходимо выполнять, начиная с
копирования каталога /boot и /sbin,
в которых находятся файлы ядра и процессов инициализации системы. Это необходимо для того, 
чтобы загрузчик boot1/boot2 сумел найти код инициализации ядра в первых цилиндрах раздела носителя.