Устанавливаем систему стандартным образом в один минимальный корневой раздел,
для дополнительных разделов
создаем фиктивные точки монтирования. Таблица разделов имеет примерно такой вид:

   ad4s1a / 256M
   ad4s1b swap
   ad4s1d /new-root
   ad4s1e /new-tmp
   ad4s1f /new-var
   ad4s1g /new-usr

Загружаемся в установленную систему.

В /boot/loader.conf добавляем 

   geom_eli_load="YES"

Отмонтируем раздел /new-root, который будет содержать новый шифрованный корень:

   umount /new-root

Инициализируем шифрование будущего корня и форматируем раздел:

   geli init -b -l 256 /dev/ad4s1d
   geli attach /dev/ad4s1d
   newfs -L root /dev/ad4s1d.eli

В  /etc/fstab меняем /dev/ad4s1d на /dev/ad4s1d.eli
Монтируем шифрованный раздел:

   mount /new-root

Создаем ключи для шифрования остальных разделов, заполнив их случайными данными:

   dd if=/dev/random of=/new-root/ad4s1e.key bs=512 count=1
   dd if=/dev/random of=/new-root/ad4s1f.key bs=512 count=1
   dd if=/dev/random of=/new-root/ad4s1g.key bs=512 count=1

Отключаем активный раздел подкачки и  шифруем его:
   swapoff -a
   geli onetime -l 256 -s 4096 /dev/ad4s1b

В /etc/fstab меняем для раздела подкачки /dev/ad4s1b на /dev/ad4s1b.eli
Активируем раздел подкачки:
   swapon -a

Готовим шифрованные разделы tmp, var и usr:

   umount /new-tmp
   umount /new-var
   umount /new-usr

   geli init -K /new-root/ad4s1e.key -l 256 -P /dev/ad4s1e
   geli init -K /new-root/ad4s1f.key -l 256 -P /dev/ad4s1f
   geli init -K /new-root/ad4s1g.key -l 256 -P /dev/ad4s1g
   geli attach -k /new-root/ad4s1e.key -p /dev/ad4s1e  
   geli attach -k /new-root/ad4s1f.key -p /dev/ad4s1f
   geli attach -k /new-root/ad4s1g.key -p /dev/ad4s1g

   newfs -L tmp /dev/ad4s1e.eli
   newfs -L var /dev/ad4s1f.eli
   newfs -L usr /dev/ad4s1g.eli

Формируем будущий образ иерархии монтирования разделов:

   cd /new-root
   mkdir tmp
   mkdir var
   mkdir usr
   mount /dev/ad4s1e.eli tmp/
   mount /dev/ad4s1f.eli var/
   mount /dev/ad4s1g.eli usr/

Монтируем установочный диск с FreeBSD и копируем с него в новый корень образ базовой системы:
   mount /cdrom
   cd /cdrom/6.2-RELEASE/base
   cat base.?? | tar --unlink -xpzf - -C /new-root/

Другой вариант скопировать уже установленный корень:
   
   tar -cf - / --exclude /new-root | tar -xf - -C /new-root

Подготавливаем новый корень к загрузке:

   mkdir /new-root/mnt/boot
   cp /etc/fstab /new-root/etc/fstab

В /new-root/etc/fstab добавляем разделы для монтирования:

    /dev/ad4s1a /mnt/boot ufs rw 1 1
    /dev/ad4s1e.eli / ufs rw 1 1
    /dev/ad4s1d.eli /tmp ufs rw 1 1
    /dev/ad4s1g.eli /usr ufs rw 1 1
    /dev/ad4s1f.eli /var ufs rw 1 1
 
В /new-root/etc/rc.conf определяем монтирование дополнительных шифрованных разделов:

    geli_devices="ad4s1e ad4s1f ad4s1g"
    geli_ad4s1e_flags="-p -k /ad4s1e.key"
    geli_ad4s1f_flags="-p -k /ad4s1f.key"
    geli_ad4s1g_flags="-p -k /ad4s1g.key"

Из старого корня делаем минимальный загрузочный раздел /mnt/boot, в  /etc/fstab оставляем:

    /dev/ad4s1d.eli / ufs rw 1 1

Перезагружаемся, чистим содержимое /mnt/boot, оставив только /mnt/boot/boot/* и /mnt/boot/etc/fstab