Для преобразования можно использовать утилиту puttygen из пакета putty-tools или putty.

Debian/Ubuntu:
  
   sudo apt-get install putty-tools

Fedora:

   sudo yum install putty


   puttygen putty.ppk -O private-openssh -o ~/.ssh/id_putty
   puttygen putty.ppk -O public-openssh  -o ~/.ssh/id_putty.pub
   chmod 0600 ~/.ssh/id_putty
   chmod 0644 ~/.ssh/id_putty.pub


Для подключения к хосту с закрытым ключом, преобразованным из ключа PuTTY:

   ssh user@host -i ~/.ssh/id_putty