Резервный диск монтируем как /backup в read-only режиме.
По крону еженощно запускаем скрипт следующего содержания:
   /sbin/mount -u -w /backup # пепреводим раздел в rw режим, mount "-o remount,rw /backup" для Linux
   /usr/bin/rsync -a --delete --delete-excluded --max-delete=200 \
      --exclude-from=/etc/ex_files_list.txt / /backup
   RETCODE=$?
   if [ $RETCODE -ne 0 ]; then
      echo "Err code=$RETCODE"| mail -s "RSYNC BACKUP ERROR" alert@test.ru
   fi
   /sbin/mount -u -r /backup # раздел обратно в ro, mount "-o remount,ro /backup" для Linux

Если backup-диск большой, лучше вести две полные копии, на случай краха во
время бэкапа (или см. опцию --backup);

При бэкапе на другой сервер:
   rsync [...опции как выше] --compress --bwlimit=100 --timeout=120 \
      -e ssh source/ login@backuphost:/backup/node1

Список файлов для исключения из бэкапа (ex_files_list.txt):
   /backup
   /mnt
   /proc
   /tmp
   /var/log
   /usr/obj
   /usr/src
   /usr/tmp
   /usr/ports
   /usr/local/apache/logs