> позволяет оба эти пакета накладывать на корень, при этом наложены будут
> сугубо пакеты и их либы, остальное будет использоваться из корня.

А btrfs может при этом сбацать множественные копии корня с произвольной дельтой относительно прародителя. Те же яйца, вид в профиль. Для пущей красоты - отстегнуть их в отдельные контейнеры, раз уж разные окружения нужны. Так админ по крайней мере не сойдет с ума при администрировании всего этого.

> возникнет, когда потребуется обновить систему.

Бардак там возникнет - пакетный менеджер штатно не готов такие вещи отслеживать, да и админ без должного инструментария задолбается разбираться что там где. И сдается мне что самое простое что тут можно придумать - вынести окружение программы в контейнер вместе с ней, если уж такое надо. И далее рулить этим как мини-копией системы/окружения. Такое можно будет рулить как нечто типа группки машин с более-менее обычной копией ОС и пакетным менеджером.