> У меня то же btrfs стоит, правда везде. Своп выделен и примонтирован.
> Так же использую zram. Если zram убрать, то вообще будет дубак
> системе, она частично снимает проблему хотя бы при небольшой нехватке памяти.

Ну то-есть вы сами себе создали проблему нехваткой физической памяти и потом удивляетесь что своп - очень хреновая и медленная эмуляция опративки? И да, если прога выдавилась в своп - при налете на отсутствующую страницу программа встанет колом пока ядро не достанет ее из свопа. Если это потребует 10 секунд (мало ли на какой флопарь вы там свопились) - значит будете ждать. А куда вы денетесь?

Как сделать реально быструю систему?
- SSD под систему. Жирные данные, если их много можно на отдельный винч вынести. Можно механический. Там если что и будет клинить то только сильно отдельные программы которые эти данные лопатят.
- Достаточно RAM (>=4 Gb) для работы. А если виртуалки надо, памяти >=8Gb, как ни крути.  
- Отрубить нафиг своп.
- Для пущего шика lowlatency ядро можно поставить/собрать.

Система станет турбореактивной. I/O просто не сможет затыкаться на уровне физики в местах где вас бы это напрягло. А потуги полисовать тормозной патефон с магнитными головами где время прогона голов заранее неизвестно и реальную геометрию знает только фирмварь, которая это наружу не скажет - понятно как будет работать.